El desarrollo de las líneas de investigación del Centro permiten la consolidación de las áreas temáticas de los programas de investigación y sustentan la articulación académica.
Las líneas de investigación son:
Bioseguridad: conocimiento científico y aplicado que contribuya a garantizar la seguridad microbiológica y química de productos de origen biológico destinados al consumo humano y animal.
Ingeniería de procesos y sistemas: desarrollo de investigación para el diseño, modelado, simulación y control de procesos en sistemas biológicos y no biológicos.
Biología aplicada: investigación y proyección social para el análisis de interrelaciones tróficas entre componentes de la biosfera con aplicación en procesos de bioproducción.
Sostenibilidad e impacto ambiental: generación de conocimiento para identificación y evaluación del impacto ambiental generado por procesos productivos.
Biodiversidad y Bioconservación: creación de conocimiento para el desarrollo de estrategias, herramientas y metodologías para el aprovechamiento y preservación de recursos biológicos.