El grupo de Limnología creado desde 1990, surge como una iniciativa de la Universidad Jorge Tadeo Lozano para promover la investigación de los sistemas acuáticos continentales, dado el potencial hídrico que posee Colombia. A través de los años, de este grupo se formó el laboratorio, el cual ha fortalecido y consolidado un equipo de trabajo interdisciplinario de calidad, el cual apoya la formación de nuevos investigadores a través de tesis de pregrado y maestría de la Universidad y otras instituciones.

Actualmente el Laboratorio de Limnología junto con el Laboratorio de Calidad de Aguas y el Centro Tadeísta de Investigación y Consultoría en Ciencias Marinas y Ambientales (sede Santa Marta) desarrolla proyectos de consultoría brindando soporte a diversas empresas de los sectores hidrocarburos, infraestructura, acuicultura, entre otros, realizando asesorías ambientales, monitoreos hidrobiológicos y fisicoquímicos, análisis de calidad de agua, soporte técnico del componente biótico, formulación y ejecución de proyectos de investigación, análisis ecotoxicológicos y análisis satelitales de Ecosistemas Marinos y Continentales, entre otros servicios.